Raccontare la storia della Festa dei Ceri non è semplice. Rappresenta una tra le più antiche manifestazioni folcloristiche italiane, se non in assoluto la più remota. La tradizione vuole che sia una festa di origine cattolica in onore del santo Ubaldo Baldassini (1085-1160), vescovo e patrono di Gubbio, con la rievocazione che sarebbe il frutto della trasformazione di un’originaria offerta di cera che le corporazioni medievali della città di Gubbio donavano al santo protettore.
Esse davano luogo al trasporto dei tre Ceri; quello dei muratori e scalpellini (Sant'Ubaldo), quello dei merciai (San Giorgio) e quello degli asinari (Sant'Antonio). Questa interpretazione cristiana, notevolmente sostenuta e documentata dal sacerdote ed epigrafista eugubino Pio Cenci (1908), trova ancora oggi d’accordo la maggior parte degli storici.
Esistono comunque anche altre ipotesi non documentate, che sono state descritte nel corso degli anni. Le più importanti racchiudono due grandi insiemi; uno riguardante l’ipotesi “pagana” e l’altro legato alla teoria “eroica”.
Secondo la prima, la Festa dei Ceri avrebbe avuto origine da riti pagani precristiani, forse legati ad una cerimonia in onore della dea Cerere (da cui deriva il nome ceri), divinità materna della terra e della fertilità. Questa interpretazione della rievocazione, già ipotizzata nel 1684 da Bonaventura Tondi fu approfondita poi dall’antropologo inglese Herbert M. Bower (1897), che avvicinò molti aspetti della festa al rituale descritto nelle Tavole Eugubine. Esso giunse alla conclusione che i Ceri fossero, almeno secondo le sue ipotesi, una testimonianza dell’“antico e diffuso culto dello Spirito dell'Albero”. La teoria "pagana" di Bower venne accolta da linguisti ed antropologi, e trovò ovviamente molti sostenitori negli ambienti anticlericali.
Secondo l'ipotesi "eroica" la festa celebra invece il ricordo della vittoria della città di Gubbio su undici città alleate. Riportata dagli eugubini nel 1151, essa avvenne, almeno secondo gli storici, per intercessione miracolosa del vescovo Sant'Ubaldo, patrono ma anche padre della patria. Secondo questa teoria i Ceri sarebbero quindi dei carri-trofei di guerra, con la parola "cero" che potrebbe derivare da carroccio. Questa idea “eroica” formulata prima da don Angelo Carucci (1605) e poi da Girolamo Beni (1848), trovò un discreto consenso nel periodo risorgimentale e durante il ventennio fascista.